Ngâm nghêu trong nước muối loãng có vài lát ớt từ 1–2 giờ để loại bỏ cát. Rửa sạch lại nhiều lần.
Cho nghêu vào nồi, đổ nước xâm xấp, luộc đến khi nghêu mở miệng thì vớt ra, tách lấy thịt, lọc phần nước luộc qua rây để loại bỏ cát (giữ lại làm nước dùng).
Cà chua rửa sạch, cắt múi cau. Dứa gọt vỏ, bỏ mắt, cắt lát mỏng.
Rau om, ngò gai rửa sạch, để ráo, cắt khúc.
Nếu dùng me trái, ngâm với nước ấm, dầm lấy nước cốt và bỏ hạt.
Bắc nồi lên bếp, cho dầu ăn vào, phi thơm hành tím băm. Cho cà chua vào xào cho ra màu đỏ đẹp, tiếp đến cho dứa vào đảo đều 1–2 phút để tạo vị chua dịu và hương thơm đặc trưng.
Đổ phần nước luộc nghêu đã lọc vào nồi. Khi nước sôi, thêm nước cốt me, nêm gia vị gồm nước mắm, hạt nêm, đường cho vừa miệng.
Khi nước sôi lại, cho thịt nghêu vào, nấu thêm 2–3 phút cho nghêu thấm vị. Tránh nấu quá lâu khiến nghêu bị dai.
Khi canh đã chín, cho ngò gai và vài lát ớt vào rồi tắt bếp.
Múc ra tô, thưởng thức nóng cùng cơm trắng hoặc bún tươi.
Món canh chua nghêu mang vị chua thanh, ngọt dịu, thơm mùi rau om – cực kỳ hấp dẫn.